法律分析：一般情况下，在合同中规定知识产权的使用方式是合法的，但必须遵守知识产权法律法规的规定，并且不得侵犯他人的合法权益。
法律依据：
1.《中华人民共和国著作权法》 第二十七条 著作权人可以将自己的著作权许可他人实施，也可以转让其著作权。
2.《中华人民共和国专利法》 第四十六条 专利权人可以将其专利权全部或者部分地转让给他人或者许可他人使用。
3.《中华人民共和国商标法》 第四十六条 商标专用权人可以将其专用权全部或者部分转让给他人或者许可他人使用。
4.《中华人民共和国反不正当竞争法》 第十三条 禁止违反法律法规规定的不正当竞争行为。其中包括侵犯他人商业秘密等。
5.《中华人民共和国合同法》 第十一条 当事人订立合同，应当遵循自愿、平等、公平、诚实守信的原则。任何单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，损害国家利益和社会公共利益和他人合法权益。
根据上述法律依据和分析，我们可以得出结论：在合同中规定知识产权的使用方式，只有当合法、公正、合乎法律规定并且不侵犯他人的合法权益时，才是合法的。否则，违法行为的后果将由相关当事人承担。
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