最简单的双序列比对中涉及到的一些基本观念
1 打开EMBL-EBI网页
1. 随便选择一个工具用来比对，如第一个
2. 看提示，输入蛋白序列，如填进人类血红蛋白α和β亚基的序列
红色框内是序列的编号、名字
Step 2先不管，直接点击箭头指向方向，得出结果。
4 观察结果 红色圈圈里的，竖线、冒号、点和空格组成了标记行。 竖线：上下序列中表示相同的残基 冒号和点，对两个残基比较，表示的是一个替代或者替换，substitution。 冒号（ : ）表示的是比较相似；点( . )表示的是不太相似。 具体来说，它们是根据一个给定的substitution matrix，或者所谓的 替换矩阵，来衡量的。 空位，即gap。从演化角度讲，认为一个空位（ ） ， 对应于序列中发生的片段的indel（insertion和deletion，即插入或删除）。 红线部分为“标记行”或“对比串”，是用来描述比对情况的一行。
空位罚分是不一样的，权重不同。
1 罚10分，open了1个gap 2 罚10.5分，open了2个gap，第1个gap罚10分，第2个gap罚0.5分 3 罚12分，open了5个gap，第1个gap罚10分，第2-5个gap罚0.5分 10+0.5 * (5-1)=12分
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