检察院不起诉的案件不会有案底。案底是指犯罪记录。在我国，未经人民法院判决，如果人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。检察院不起诉后，案件的司法程序就此终结，当事人未经法院审判，因此没有犯罪记录，即不会有案底。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国刑事诉讼法》第十二条未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。
第十六条有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；（二）犯罪已过追诉时效期限的；（三）经特赦令免除刑罚的；（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
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