食品经营许可证不注销的会产生一定的费用叠加。食品店不开了，营业执照和食品经营许可证是需要注销的，否则在以后开店过程中是不允许设立的。经营者应尽量及时去注销相关证件。食品经营者终止食品经营，食品经营许可被撤回、撤销或者食品经营许可证被吊销的，应当在30个工作日内向原发证的食品药品监督管理部门申请办理注销手续。
法律依据：《食品经营许可办法》第三十六条
食品经营者终止食品经营，食品经营许可被撤回、撤销或者食品经营许可证被吊销的，应当在30个工作日内向原发证的食品药品监督管理部门申请办理注销手续。食品经营者申请注销食品经营许可的，应当向原发证的食品药品监督管理部门提交下列材料：
（一）食品经营许可注销申请书；
（二）食品经营许可证正本、副本；
（三）与注销食品经营许可有关的其他材料。
不注销营业执照会有什么后果
1、不注销的营业执照可能会被吊销，企业法人资格被强行剥夺，其民事主体资格随之消亡，不得继续从事市场经营活动；
2、若公司营业执照一年不审，工商局就会自动吊销其营业执照，并将公司法人和股东列为失信黑名单。三年内不能担任企业法人。被吊销企业或者个体的经营者可能在三年内无法使用自己的名字再注册公司，个人信用记录不良将被保持七年，还可能面临罚款的处罚；
3、因营业执照不注销导致公司法人进入诚信黑名单后，法人、股东将无法出国，无法乘坐高铁、飞机；法人、股东将无法办理移民；股东将无法贷款等。
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