法律分析：在公司犯罪调查中，公司内部员工的权益受到关注。员工可能因为调查受到不公正待遇，甚至可能被误认为涉案人员。因此，为了保障员工的权益，公司应采取相应措施。
首先，公司应当积极配合调查，但同时要遵守法律程序，不得侵犯员工的合法权益。其次，公司应当制定相应的内部规章制度，规定调查程序和员工权益保护措施。最后，公司应当为员工提供法律咨询和援助，帮助他们维护自己的合法权益。
法律依据：
1.《中华人民共和国劳动法》第三十八条：“用人单位应当保障劳动者的合法权益，禁止违法用工。”
2.《中华人民共和国刑事诉讼法》第十条：“人民法院对任何单位和个人依法实行独立自由裁量权。”
3.《中华人民共和国公司法》第四十七条：“公司应当制定内部管理规定，规定公司的组织机构、经营管理、财务管理、内部控制等。”
保护员工权益是公司犯罪调查的重要内容，也是公司应尽的社会责任。公司应当遵守法律程序，保障员工合法权益，同时采取相应措施保障公司的利益。
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